Причин виникнення кіст яєчників достатню кількість.
У молодому віці має значення незрілість репродуктивної системи, коли будь-який фактор, наприклад, такий як перевтома, порушення режиму сну-праці-відпочинку, підвищені розумові навантаження можуть привести до порушення балансу в системі і до розвитку функціональних кіст.
Тому вкрай важливо в пубертатному і ранньому репродуктивному віці дотримуватися режиму праці, уникати стресів і не вдаватися до суворих дієт.
Також до формування кіст призводять:
- порушення гормонального фону, включаючи і наявність ожиріння
- хронічні запальні захворювання геніталій
- порушення функції щитовидної залози, як її гіпо- так і гіперфункція
- штучне переривання вагітності
- куріння
У період пременопаузальний, також часто виникають кісти яєчників, найчастіше по типу персистенції або атрезії неовулірующего фолікула.

У персистирующем фолликуле накопичується рідина, що містить гормони естрогени, в зв'язку з чим порушується і менструальний цикл, з тенденцією до затримки, а потім настає більш рясна і тривала ніж зазвичай менструація. У цьому періоді відбувається згасання репродуктивної системи, яєчники вже не можуть в достатку виробляти гормони і виконувати свою функцію.
Дисфункція у всій репродуктивній системі призводить формуванню кіст.
Однак, в цьому віці найбільш часто виникають справжні пухлини яєчників, які слід диференціювати з дисфункціональними кістами.
Так наприклад, фолікулярна кіста яєчника і проста серозна цистаденома мають однакові ознаки, як при гінекологічному дослідженні, так і на ультразвукову картину. Остаточний діагноз встановлюється за результатами гістологічного дослідження після оперативного втручання.